در اولین روزهای دفاع مقدس، با وجود اوضاع نابسامان جنگ ، آیت الله خامنه ای عازم جبهه های نبرد شد تا با حضور خود بر اعتماد به نفس و طمأنینه ی رزمندگان اسلام بیفزاید و شور و اشتیاق آنان را به جهاد و شهادت دو چندان کند. ایشان درباره ی اولین حضور خود در جبهه چنین می فرماید:

چه زمانی چفیه جزو لباس رهبر شد؟

در اوایل جنگ چون احساس کردم که نیروهای نظامی ما بسیار کم و ضعیف هستند، برای این که بتوانیم همان هایی را که هستند روحیه بدهیم و افراد دیگری از مردم را دعوت کنیم که به آن ها کمک کنند، من از امام اجازه گرفتم و به جبهه رفتم. حدود یک هفته ای از جنگ می گذشت که من به اهواز رفتم، چون دشمن نزدیک اهواز بود، من سال 59 را تا آخر و یکی دوماه از سال شصت را در جبهه بودم. در منطقه اهواز و دزفول و حول و حوش میدان جنگ و مختصری هم در غرب بودم.

مقام معظم رهبری، ماجرای اجازه ی امام به ایشان را این گونه نقل می کنند:

با دغدغه ای کامل خدمت امام رفتم.همیشه امام به ما می گفتند که خودتان را حفظ کنید و از خودتان مراقبت نمایید.....من به امام گفتم خواهش می کنم اجازه بدهید من به اهواز یا دزفول بروم. شاید کاری بتوانم بکنم. بلافاصله گفتند که شما بروید. من به قدری خوشحال شدم که گویی بال در آوردم. مرحوم چمران هم آنجا نشسته بود. گفت: پس به من هم اجازه بدهید تا به جبهه بروم. ایشان گفتند: شما هم بروید...عصر همان روز به همراه شهید چمران با هواپیما به اهواز رفتیم.

 

اولین پیام نماینده ی امام در ارتش

به دنیال حمله هوایی نیروهای بعثی عراق به چند پایگاه هوایی ایران، آیت الله خامنه ای نماینده امام در ارتش و عضو شواری دفاع ملی بعد از ظهر روز سی و یکم شهریور1359 طی یک پیام رادیویی مردم را به حفظ خونسردی و متانت دعوت کرد. متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

ملت مسلمان و انقلابی ایران، برادران و خواهران! دولت دست نشانده و مزدور عراق تجاوز هوایی را به حریم جمهوری اسلامی ایران آغاز کرده و به چند پایگاه هوایی حمله نموده است. ما تاکنون نخواسته بودیم که حمله را آغاز کنیم اما ارتش جمهوری اسلامی تجاوز این بعثی های دست نشانده را تحمل نمی کند و درس تلخی به صدام خواهد داد.مردم عزیز ما باید خونسردی و متانت خود را حفظ کنند. هر گونه شایعه را که احیاناً ضد انقلاب منتشر می کند نفی کنند.

به پادگان های نظامی نزدیک نشوند و در انتظار لحظه انجام مسئولیت همگانی که از سوی رهبر عظیم الشأن محول خواهد شد، باشند. هم اکنون برادرهای رزمنده ارتش جمهوری اسلامی ایران در زمین و هوا و دریا به نبرد سرگرم اند، نتایج متعاقباً به اطلاع ملت خواهد رسید.

                                                                        والسلام علیکم ورحمه الله